진화론에서 파충류와 조류의 전이 형태라고 내세우는 가장 유명한 것은 시조새의 화석이다. 시조새 화석은 1860년 독일 남부 바이에른 지장의 졸른호펜 석회암층(초기 쥐라기)에서 발견되었다. 시조새가 파충류와 조류를 연결시켜주는 중간단계의 화석으로 생각한 이유는 파충류의 특징과 조류의 특징을 동시에 갖고 있다고 생각하였기 때문이다. 시조새가 새로서 가지고 있는 특징은 깃털, 날개, 부리이며 파충류로서 가지는 특징은 뼈가 있는 긴 꼬리, 날개 앞쪽의 발톱, 부리의 치아 등이다. 진화론자들은 시조새의 깃털이 파충류의 비늘에서 진화했다고 하는데 시조새의 깃털은 다른 새들과 마찬가지로 완전히 발달한 형태를 갖춘 날 수 있는 새라는 것이 밝혀졌다. 또한 호애친(남미산의 뱀을 잡아먹는 새), 타조와 같이 현재 살아있는 새들도 날개의 앞쪽 끝에 발톱이 있어, 날개끝의 발톱이 시조새가 파충류와 조류사이의 전이형태의 생물이라는 증거로 사용될 수 없다는 것이다. 그 다음으로 진화론자들이 내세우는 것은 시조새의 치아이다. 그러나 시조새의 치아도 파충류와 조류 사이의 전이형태의 증거가 될 수 없는데, 이유는 화석으로 나타나는 새들 중에는 시조새 외에도 치아를 가진 새들이 있기 때문이다. 또한 시조새의 화석과 동일 지층에서 완벽한 새의 화석이 발견되었으며, 텍사스에서는 더 오래된 지층인 트라이아스기 지층에서도 완전한 조류가 발견되었다. 1982년 독일 Eichstatt에서 개최된 국제 시조새 회의에서 시조새는 파충류와 조류의 중간동물이 아닌 조류(bird)이며, 현대 조류의 조상이 될 필요도 없다고 결정하였고, 유명한 조류학자인 F.E.Beddard는 그의 책에서 시조새를 조류로 분류하고 있다.(48, 49)